Từ TK 5 đến TK 15, Java là trung tâm của các vương triều Ấn hóa. Các vương triều ở Trung Java như Borobudur và Prambanan phát triển từ TK 7 đến TK 10 với những đền chùa còn tồn tại đến ngày nay. TK 7 đến TK 14, ảnh hưởng của đại vương triều Sriwijaya từ Sumatra lan tỏa đến Java. TK 10, vương triều Majapahit được thành lập ở Đông Java, thịnh vượng dưới sự trị vì của Hayam Wuruk và đến TK 14 đã mở rộng quyền bá chủ trên khắp Java. TK 13 đến TK 17 quá trình Hồi giáo hóa diễn ra mạnh mẽ, cùng với đó là sự có mặt của người châu Âu tại Java. Người Bồ Đào Nha chiếm Malacca năm 1511.
Năm 1596 người Hà Lan bắt đầu buôn bán gia vị. Họ thành lập nhà nước thuộc địa với các công ty Đông Ấn Hà Lan vào năm 1816. Java trở thành trung tâm của các cuộc khởi nghĩa giành độc lập, trong đó có cuộc khởi nghĩa của hoàng tử Diponegoro. Trong suốt Thế chiến II, Java là địa điểm diễn ra cuộc chiến quan trọng ở Thái Bình Dương giữa quân Đồng minh và quân Nhật. Ngày 17/8/1945, Sukarno tuyên bố độc lập cho Cộng hòa Indonesia.
